Doğrulanmış ÇözümEkstremofil Biyolojisi ve Biyosensörler
Halofilik arkelerde Cas12a enzimi yüksek Mg2+ derişiminde kesim etkinliğini kaybediyor
Doç. Dr. Neslihan AksoyLaboratuvar Direktörü • Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik
Tuz Gölü Halorubrum suşlarında hedefli genom düzenlemesi yapmak amacıyla FnCas12a enzimi kullanıyoruz. Ancak sitoplazma içi magnezyum seviyesi 150 mM üzerine çıktığında Cas12a hedef dışı (off-target) kesimleri artırıyor ve hedef DNA’ya tutunamıyor. Magnezyum yerine manganez (Mn2+) ko-faktörü ikamesi deneyen oldu mu?
#CRISPR#Cas12a#Halofilik#Magnezyum#Tuz Toleransı
Hakem ve Araştırmacı Katkıları (2)
Soru Sahibi Tarafından Onaylanan Çözüm
Dr. Canan ErbilgiçAraştırmacı • Sabancı Üniversitesi Biyomühendislik
Hocam Mn2+ ko-faktörü katalitik hızı artırsa da nükleazın özgüllüğünü (fidelity) zayıflatabiliyor. Bunun yerine Cas12a katalitik cebindeki iki lizin kalıntısını glutamata çeviren engineered AsCas12a-Ultra varyantını denemenizi öneririm. Yüksek iyonik şiddette negatif yük kalkanı oluşturuyor.
24 beğeni
Doç. Dr. Neslihan AksoyLaboratuvar Direktörü • Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik
Canan Hocam, bahsettiğiniz varyantın plazmitini temin edip denedik; 200 mM Mg2+ altında dahi hedef kesim verimi %82’ye çıktı. Harika bir yönlendirme oldu.
18 beğeni
Tartışmaya Katkı Sunun (Yanıt Yazın)
Yörünge Forumu akademik nezaket, doğrulanabilir veri ve metodolojik saygı kurallarına tabidir.
Aynı Kategorideki Diğer Tartışmalar
ÇözüldüEkstremofil Biyolojisi ve Biyosensörler
Sentetik gözenekli zeolitlerde lakkaz enzim tutunma verimi ve pH kararlılığı
Dr. Canan Erbilgiç(Sabancı Üniversitesi Biyomühendislik)282027